Perang Dunia Ketiga sudah berakhir berjat perjuangan Kamijou Touma. Namun bersamaan dengan itu pula, ia menghilang. Dengan berkumpulnya kembali Pihak Sihir, hari Sabat bagi pengikutnya telah tiba.
Di markas Pihak Sains, Esper Accelerator level 5 terkuat Akademi Kota telah cuci tangan dari “Kegelapan”. Bersama dengan Last Order dan Misaka Worst, hari-harinya berlalu dengan tenang tanpa adanya tanda-tanda dari GROUP.
Hamazura Shiage telah membuat sebuah ITEM baru bersama Kinuhata, Takitsubo dan Mugino. Kedamaian pun pada akhirnya dapat dirasakan oleh para alumni yang telah “lulus” dari Sisi Gelap Akademi… Setidaknya sampai “murid tahun pertama” yang jahat muncul di hadapan mereka.
– kisah ini adalah kelanjutan dari seri light novel populer Toaru Majutsu no Index, di mana Kamachi-Sensei telah berjanji akan memberikan cerita serta cita rasa yang baru bagi pertarungan dan perkembangan plot.